Rozgrywka w Dead Trigger 2 jest podzielona na misje. Każda misja ma jeden lub więcej celów, które należy wykonać, aby ją ukończyć. Jeśli jeden z celów nie powiedzie się lub gracz zginie, misja nie zakończyła się powodzeniem i należy ją ponownie rozegrać. Misje są zasadniczo podzielone na misje fabularne i misje nie fabularne. Wszystkie aktualnie dostępne misje są dostępne z mapy świata.
Misje Fabularne
Misje fabularne pozwalają graczowi przejść przez historię Dead Trigger 2, od ratowania ocalałych i założenia Kryjówki, poprzez poszukiwanie źródła mutacji w Afryce, po szukanie pierwszej zainfekowanej osoby w Chinach, aby dowiedzieć się więcej o wirusie . Fabuła może jeszcze nie być kompletna i może zostać rozszerzona w przyszłych aktualizacjach. Misje fabularne zwykle zawierają więcej celów do wykonania niż misje inne niż fabularne, a nagroda jest również wyższa. Po zakończeniu misji fabularnej nie można jej odtworzyć ponownie. Na początku misje fabularne są niezbędne, aby odblokować wszystkie funkcje Kryjówki, w tym plany oraz produkcję broni i przedmiotów, dlatego zaleca się, aby najpierw rozegrać misje fabularne, a dopiero potem wypróbować inne.
Ogólne misje
Oprócz misji fabularnych istnieje również kilka misji nieopowiedzianych (od wersji 0.6.0 są to tak zwane Misje ogólne), zawsze dostępnych dla gracza na mapie świata. Misje ogólne mają zazwyczaj tylko jeden główny cel do ukończenia i nie wpływają na historię gry. W ramach obecnego Wyzwolenia Miasta zawsze dostępne są trzy do czterech ogólnych misji, kolejne są dostępne przy zielonych ikonach „informacyjnego I”, rozrzuconych po mapie świata. (Kliknięcie ikony powoduje wyświetlenie podstawowych informacji o ogólnych misjach).
Szturm
„Oczyść obszar z wszystkich nieumarłych”
Szturm to rodzaj misji z najprostszym możliwym zadaniem. Jedynym celem jest zabicie zombie. Gracz może zobaczyć, ile zombie zostało do zabicia w środku na swoim HUD. Liczba zombie, które należy zabić, aby ukończyć misję, zwykle waha się od 30 do ponad 60. Zabicie specjalnego zombie liczy się jako jedno zwykłe zabójstwo. Czasami ocalali NPC pomagają graczowi, a ich zabójstwa również liczą się do postępu misji. W przeciwieństwie do misji Eskorta, ich śmierć nie oznacza końca misji. Jednak zaleca się, aby utrzymać je przy życiu, ponieważ są one przydatną dodatkową pomocą, szczególnie w przypadku specjalnych zombie, takich jak Panzer. W niektórych misjach szturmowych gracz obsługuje ciężki karabin maszynowy w helikopterze, latając po mapie zamiast pieszo.
Obrona
„Zabezpiecz się, aż nadejdzie ekstrakcja”
Obrona to rodzaj misji, w której gracz musi pozostać przy życiu przez określony czas, zwykle około 2 minut. Liczba zabitych zombie nie ma znaczenia w tego typu misji, jednak większa liczba zabitych zombie oznacza większą nagrodę na koniec misji. Gracz jest często zabarykadowany w zamkniętej przestrzeni w tego rodzaju misji, a czasami ma dostępną skrzynkę z amunicją o większej niż zwykle pojemności. Ocalali NPC są czasami obecni i tak samo jak w Szturmie, nie jest konieczne utrzymanie ich przy życiu, ale jest to pomocne. Czasami po udanej misji (wraz z NPC) helikopter przylatuje w rejon.
Dostawa
„Rozejrzyj się za przydatnymi zasobami”
Zaopatrzenie to rodzaj misji, w której gracz musi zlokalizować skrzynki z jedzeniem i zapasami (zwykle od 3 do 5) i doprowadzić je do miejsca początkowego (czasami w miejscu początkowym znajduje się furgonetka, w której skrzynki są ładowane po przyniesieniu) . Wskaźnik celu pokazuje kierunek i odległość skrzyni, a po podniesieniu kierunek punktu początkowego. Gracz może nosić tylko jedną skrzynkę na raz, a na mapie zawsze jest tylko jedna skrzynka na raz – kolejna pojawia się, gdy poprzednia trafi do miejsca początkowego. Po przeniesieniu wszystkich skrzyń do miejsca początkowego misja kończy się.
PowerRun
„Uzupełnij generator w paliwie”
Power Run jest podobny do poprzedniego typu misji, ale zamiast lokalizować zapasy, gracz musi przynieść kanistry z paliwem do generatora. Gdy generator zostanie napełniony pierwszym zbiornikiem paliwa, włącza się i stale zużywa paliwo z małą prędkością. Oznacza to, że im szybszy gracz, tym mniej kanistrów musi przynieść do generatora, aby go całkowicie napełnić, ale gdy gracz utknie, może to oznaczać, że do pełnego napełnienia kanistra będzie potrzebna jeszcze jedna lub dwie rundy. Podobnie jak w przypadku skrzyń z zaopatrzeniem, na mapie jest tylko jeden kanister na paliwo, a wskaźnik celu pokazuje jego kierunek i odległość.
Strażnik (Sentinel)
„Strzeż wejścia do naszej kryjówki”
Strażnik to rodzaj misji, w której gracz musi powstrzymać zombie przed przejściem za bramą z czujnikami ruchu. Brama emituje białe świecące linie, których gracz nie może przekroczyć, ale zombie mogą. Gdy zombie przekroczy bramę, włączy się alarm i sztuczny głos z napisem „Wykryto intruza!” słychać ostrzeżenie gracza, że zombie przekroczyły granicę i mają być bronione. Nadal jednak można je zabić wkrótce po przejściu przez bramę. Tylko dwa zombie mogą przekroczyć obwód, a gdy zrobi to trzeci zombie, gra się kończy. W misjach Sentinel gracz często znajduje się w jakimś wysokim miejscu, obsługując ciężki karabin maszynowy lub używając karabinu snajperskiego do ochrony wejścia. Jednak w niektórych misjach gracz musi chronić wejście pieszo, używając własnej broni. Specjalne zombie są szczególnie niebezpieczne w misjach Strażników i zaleca się, aby radzić sobie z nimi szybko, korzystając z materiałów wybuchowych lub beczek wybuchowych.
Znajdź i zniszcz
„Zniszcz głośnik w okolicy”
W misjach „Szukaj i niszcz” gracz musi zlokalizować i zniszczyć od trzech do pięciu głośników znajdujących się na mapie. Jest tak prawdopodobnie dlatego, że można z nich usłyszeć krzykliwe dźwięki, które mogą przyciągać zombie. Wskaźnik obiektywu nie pokazuje kierunku głośników, ale liczba w % oznacza odległość od najbliższego głośnika. Zmienia kolor na zielony (gdy się zbliżamy) lub pomarańczowy (gdy gracz oddala się od głośnika). Głośniki znajdują się zwykle kilka metrów nad poziomem gruntu i są umieszczone na ścianach, słupach i podobnych miejscach. Czasami ich odnalezienie może być nieco trudne, ale gdy gracz znajduje się blisko głośnika, można usłyszeć jego dźwięki, co sprawia, że łatwiej je znaleźć. Po zniszczeniu wszystkich głośników misja kończy się sukcesem.
Eskorta
„Eskortuj ocalałego w bezpieczne miejsce”
W misjach Eskora gracz zawsze musi chronić ocalałego NPC, jednak istnieje kilka możliwych scenariuszy dla tej misji. Gracz albo musi znaleźć rannego, który przeżył, a następnie chronić go podczas wychodzenia z tego obszaru, albo musi chronić medyka, udzielając pierwszej pomocy innemu rannemu, który przeżył. Czasami gracz obsługuje także karabin maszynowy i pomaga ocalałemu w otoczeniu zombie lub jeździ w furgonetce z zamontowanym karabinem maszynowym, który podąża za ocalałym, który otwiera bramy stojące na drodze furgonetki. Bez względu na scenariusz gracz zawsze musi albo bronić ocalałego przez określony czas, albo eskortować go w bezpieczne miejsce. Śmierć Ocalałego zawsze oznacza koniec gry. (Wskazówka: stosowanie środków przeciwbólowych leczy również osobę, która przeżyła).
Operacja
„Wykonuj różne działania zależne od czasu”
Jak sugeruje opis, głównym celem misji Operacji jest zawsze jakieś zadanie, które wymaga czasu. Należą do nich budowanie zbiorników do pompowania toksyn, wypompowywanie wody ze stacji zaopatrzenia w wodę (głównie w misjach w Afryce), wyszukiwanie w depozytach dokumentów zawierających informacje o wirusie itp. Wskaźnik celu zawsze prowadzi do zielonego koła. Gracz musi stać w kręgu i czekać na zakończenie akcji (pojawi się pasek postępu pokazujący postęp bieżącej akcji). Gdy gracz wychodzi z kręgu, postęp jest wstrzymywany, dopóki gracz nie wróci do kręgu. Zazwyczaj w każdej misji Operacji należy wykonać od trzech do pięciu celów.
Nagrody i wyniki
Wynik misji pokazuje wynik i pieniądze uzyskane z ukończonej misji.
Po każdej misji wyświetlana jest tablica wyników pokazująca wynik uzyskany przez gracza (wynik jest ważny tylko dla wyzwolenia miasta, ponieważ nagroda, którą gracz otrzymuje po wyzwoleniu miasta, zależy od całkowitego wyniku uzyskanego przez gracza ze wszystkich rozegranych misji wyzwolenia miasta). Łączna kwota uzyskanych pieniędzy: „Znalezione pieniądze” pokazuje wszystkie pieniądze uzyskane z bonusowych pieniędzy, „Brutalność” pokazuje pieniądze uzyskane ze strzałów w głowę, rzezi itp., a „Sekrety” pokazują pieniądze uzyskane z Golden Pigs. Ostatnia linia pokazuje nagrodę za misję, która zależy od poziomu trudności i poziomu technicznego gracza.
| Tech level | Łatwy | Normalny | Trudny |
| Tech 1 | 180  |
360  |
540  |
| Tech 2 | 250  |
500  |
750  |
| Tech 3 | 500  |
1000  |
1500  |
| Tech 4 | 1000  |
2000  |
3000  |
| Tech 5 | 1500  |
3000  |
4500  |
| Tech 6 | 2,250  |
4,500  |
6,750  |
| Tech 7 | 3,000  |
6,000  |
9,000  |
| Tech 8 | 4,000  |
8,000  |
12,000  |
| Tech 9 | 5,000  |
10,000  |
15,000  |